Struktur Organisasi Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Airlangga Periode 2020-2025 sebagai berikut Fakultas Kedokteran Hewan dipimpin oleh seorang Dekan dalam pelaksanaannya didampingi Wakil Dekan 1 bidang akademik dan kemahasiswaan, Wakil Dekan 2 bidang keuangan dan SDM serta sarana prasarana, Wakil Dekan 3 dalam bidang kerjasama dan penelitian, publikasi serta pemas, masing-masing bidang dikepalai oleh kepala bagian. Fakultas Kedokteran Hewan didampingi Satuan Penjaminan Mutu dan Badan Pengawas Fakultas. Fakultas Kedokteran Hewan Unair merupakan mono program dengan satu departemen yaitu Ilmu Kedokteran Hewan dengan 9 Divisi yaitu Anatomi Veteriner, Patologi Veteriner, Peternakan, Kesehatan Masyarakat Veteriner, Parasitologi Veteriner, Mikrobiologi Veteriner, Klinik Veteriner, Kedokteran Dasar Veteriner dan Reproduksi Veteriner. Fakultas Kedokteran Hewan Unair memiliki 7 program studi yaitu Prodi S1 Kedokteran Hewan, Program Profesi : Pendidikan Profesi Dokter Hewan (PPDH),  Empat Prodi S2 : Biologi Veteriner, Agribisnis Veteriner, Ilmu Pnyakit dan Kesehatan Masyarakat Veteriner, Vaksinologi dan Immunoteraupetika, serta Prodi S3 Saint Veteriner. Unit penunjang / RGA  berupa Rumah Sakit Hewan Pendidikan, Taman Ternak Pendidikan, Unit Semen Beku, Laboratorium Hewan Coba, Unit Pengujian Veteriner dan Pengujian Pakan, Komisi Etik. Semua proses pembelajaran ditunjang Unit Sistem Informasi yang sangat memadai. Struktur Organisasi Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Airlangga Periode 2020-2025 tercantum dalam bagan dibawah ini: